要遵循客觀、公正、合法的原則，堅持標本兼治、綜合治理、懲防并舉、注重預防的方針，依照國家法律法規和有關規定，建立健全對學術不端行為的懲處機制，制定切實可行的處理辦法，做到有法可依、有章可循。
這類錯誤本來可以避免，是不應該發生的，但是犯錯者并無惡意，是無心造成的，屬于“誠實的失誤”。 犯錯者應該為其失誤受到批評、承擔責任，但是是屬于工作態度問題，并沒有違背學術道德。 還有一類是學術不端行為。 這類錯誤本來也可以避免，但是肇事者有意讓它發生了，存在主觀惡意，違背了學術道德，應該受到輿論譴責和行政處罰，乃至被追究法律責任。
專門的學術規范教育也是必不可少的，要防止因為不了解學術規范而產生的不端行為。 當然，除了學術規范的傳授，教師自身在學術方面的嚴謹作風對學生有更好的示范作用。 [2] 63歲的祝國光博士至今還記得，當初在海外頂級醫學期刊上看到有關中藥和西藥對治療 心肌梗塞 疾病具有同等療效的學術論文時，那種難以言狀的興奮之情。
高等學校黨委和行政部門要根據學術不端行為的性質和情節輕重，依照法律法規及有關規定對學術不端行為人給予警告直至開除等行政處分；觸犯國家法律的，移送司法機關處理；對于其所從事的學術工作，可采取暫停、終止科研項目并追繳已撥付的項目經費、取消其獲得的學術獎勵和學術榮譽，以及在一定期限內取消其申請科研項目和學術獎勵資格等處理措施。 查處結果要在一定范圍內公開，接受群眾監督。 通知強調，高等學校在調查和處理學術不端行為過程中，要查清事實，掌握證據，明辨是非，規范程序，正確把握政策界限。 對舉報人要提供必要的保護；對被調查人要維護其人格尊嚴和正當合法權益；對舉報不實、受到不當指控的單位和個人要及時澄清并予以保護。
