看你用什么系統來查重了，如果用學術查重cnkivip.net來檢測的話建議不要刪除參考文獻，不過只要格式對的話學術查重也不會去查重參考文獻的。
在創作畢業論文的時候，不少同學都察覺院校針對畢業論文的標準要比自己平日寫的論文的標準要嚴格得多，而且會愈發規范，我們在寫畢業論文的時候不但是寫篇論文以外，更有不少點必須注意。
例如畢業論文和平時的論文不一樣的，就有不少點，例如字數不一樣，畢業論文的篇幅要相對比較多，大概是在8000字到1萬字，另外 一點便是畢業論文他們必須有封面，目錄，引言引用的文獻和附錄，這一些是普通論文所不需要的，普通論文大概是在3000~5000字，然后只須要有論文就可以了，但是畢業論文顯然就要多不少流程，那不少同學在使用論文查重的時候，也會有這樣子的一個疑問。
附錄究竟可不可以影響到論文查重結果呢？
這主要是因為論文附錄里頭通常是引用了某些文獻，在這一些文獻中顯然和網上的文獻名稱重復了，假如附錄被視作論文查重結果的情況下，那很顯然我們這篇論文就會有很高的重復率，這樣子顯然是不合理性的，因此通常狀況下論文查重網站并不可能把附錄統計到自個的查重結果。應對這樣的事情，也是有不少人相對比較擔憂，這主要是因為他們察覺查重報告出來過后，他們的附錄早就被標紅，就表明論文查重系統已把附錄統計到了論文查重結果，這到底是怎樣一回事呢？
實際上把附錄內容統計到正文內容，進而增加了自己的論文重復率，并不等于要視作是查重系統錯誤，不少狀況下都主要是因為同學們在寫附錄的時候格式不規范，第一主要是因為附錄內容的格式不規范，因此在判定的時候會把附錄內容判定為正文內容，這導致就統計到了查重結果以內，第2點便是這是因為不少同學提交論文提交的是pdf格式，而不是word格式，假如學生提交為pdf格式的情況下，那在查重之前會針對pdf格式使用掃描。就算是正確的格式的附錄，在掃描過后也會變為不規范格式，被統計到正文內容，進而影響到重復率。
