在2月中旬，日本理化學研究所RIKEN和《自然》方面分別就小保方晴子所遭受的學術不端指控開展了相關調查行動。 3月5日，RIKEN向外界公布了更多關于STAP細胞制備過程的詳細情況， 并表示小保方研究中的其他實驗方法將會發表在《自然》期刊的“實驗方法交流” (Protocol Exchange)網頁上。
小保方晴子涉嫌學術不端事件最終調查結果公布！ 針對STAP細胞論文的學術不端的質疑，理化學研究所于4月1日宣布研究中確實存在學術不端行為。 對于3月14日公開發布的中期報告中被保留看法的4項事項中的2項，僅判定論文第一作者，理化學研究所發育生物學中心（CDB）研究室主任小保方晴子存在捏造、篡改等學術不端行為。
2014年4月1日，日本理化學研究所發布完整調查報告， 宣布小保方晴子在研究中存在捏造、篡改等學術不端行為。 共同作者雖無學術不端行為，但由于未能發揮把關作用也“責任重大”。 事情發展到這里，就不得不再介紹一個人——小保方晴子的導師：當時日本理化學研究所發生與再生科學綜合研究中心副主任笹井芳樹。
小保方晴子的“學術女神”形象頓時崩塌，其博士論文問題也被外界關注。 [30] 2015年11月，早稻田大學宣布正式取消小保方晴子的博士學位，但給予她1年時間進行論文修改，但最終校方認定未達到博士論文水平。 [30] 日本放送協會 (NHK)曾于2014年播出了關于日本理化學研究所研究員小保方晴子涉嫌STAP細胞論文造假的專題紀錄片。 該節目一經播出，便引得日本學術界一片嘩然，小保方晴子一夜之間從“國寶”、“日本居里夫人”跌墮，一直力挺STAP的小保方導師、被認為有望獲 諾貝爾獎 的干細胞界頂尖專家笹井芳樹更是不堪壓力選擇自殺。
