有一項緣由可能會是你選擇的學術查重軟件卻非權威的學術查重，由于這些店鋪網站卻非權威的學術查重軟件，因此就導致不會甄別出參考文獻部分，進而導致畢業論文中的參考文獻被標紅。綜上所述，學術查重并不包含參考文獻，學術查重一般來說只針對畢業論文的摘要部分、英語摘要部分、正文部分及附錄部分進行查重，而參考文獻并不在學術查重范圍之內。
因此，畢業論文編輯大可不必擔心因要羅列眾多參考文獻在畢業論文中。但是，只有權威的學術才能夠甄別參考文獻，除此之外其有一個前置性情況就是參考文獻格式正確，這正是說明畢業論文編輯絕對到學術不端網的“學術查重入口”等權威的學術查重平臺進行查重，且要根據規定創作參考文獻，保障學術能夠甄別。
