維生素B2的欠缺會導致口腔、唇、皮膚、生殖器的炎癥和機能障礙，稱為 核黃素缺乏病 。 2）長期缺乏會導致兒童生長遲緩，輕中度缺鐵性貧血。 3）嚴重缺乏時常伴有其它B族維生素缺乏癥狀。 與 維生素B6 、 維生素C 及 葉酸 一起作用，效果最佳。
維生素B2的主要生理功用是作為 輔酶 促進代謝。 核黃素和磷酸及一分子蛋白質結合成為黃素酶。 這一類酶又叫 脫氫酶 ，重要的是要非常介導的氫原子轉移對糖、脂和 氨基酸 的代謝都很重要。 它是許多動物和微生物生長的必需因素。
維生素B2的最大敵人是光，特別是 紫外線 ，如果用玻璃瓶裝牛奶，牛奶中的維生素B2會在一天內破壞到幾乎為零。 維生素B2的另一個敵人就是堿性物質，有人為保持蔬菜好看的綠色，烹調蔬菜時加堿，這種方法可徹底破壞蔬菜中全部的維生素B2。
