另外PaperYY不支持PDF查重，上傳文檔格式僅限于doc，docx，txt格式。 學術是連續13字符相似即被系統判斷為重復，并且學術系統存在閥值5%，同篇文章同時檢測也會有誤差。 PaperYY的檢測規則原理目前官網尚未明確說明，只給出這樣一句話“四位海歸博士，鉆研文章指紋對比技術多年，在大數據云基礎上，獨創分類比對技術，準確率高達90%以上，預處理指紋技術，秒級響應，讓檢測查重不止是準確”。 但是和學術比較肯定是有差別的，中國學術是國家的，因為學術檢測原理那是中國學術發明的專利并且還獲得過科技進步獎！ PaperYY有自建對比庫，檢測查重效果更上一層樓，另外PaperYY有自動降重和人工降重服務。 而學術就沒有這么人性化的服務。
而且，paperyy至尊版查重出來，會有5個查重報告，其中就有一個專門對比學術的查重報告。 不同的論文查重系統，是不同機構所開發，所以，查重比對數據庫的內容、范圍，重復率計算方法，都完全不一樣。 所以，互相之間沒有可比性。 而且學術查重系統根據不同類型論文，分為不同版本。 針對畢業論文而言，本科畢業論文是學術查重PMLC版本，含有“大學生論文聯合比對庫”，包含了使用PMLC檢測過的所有往屆本科畢業論文；研究生畢業論文是學術查重VIP5.3/TMLC2版本，含有“學術論文聯合比對庫”，包含了使用VIP5.3/TMLC2檢測過的所有往屆研究生畢業論文。 學校用學術查重系統，提前也要通過正規渠道使用學術查重系統，推薦權威學術查重入口——學術不端查重網：
PaperYY的檢測規則原理目前官網尚未明確說明，只給出這樣一句話“四位海歸博士，鉆研文章指紋對比技術多年，在大數據云基礎上，獨創分類比對技術，準確率高達90%以上，預處理指紋技術，秒級響應，讓檢測查重不止是準確”但是和學術比較肯定是有差別的，中國學術是國家的，因為學術檢測原理那是中國學術發明的專利并且還獲得過科技進步獎！ PaperYY官網并未說明對比庫資源，超過1200億海量指紋數據，覆蓋大部分期刊，圖書，論文，互聯網數據。
