學術不端行為責任人獲得有關部門、機構設立的相關科研項目、學術獎勵或者榮譽稱號等利益的，學校根據關聯情況向相關主管部門提出處理建議。 學生有學術不端行為的，按照學生管理的相關規定給予相應的學籍處分。 學術不端行為與獲得學位有直接關聯的，由學位授予單位作暫緩授予學位、不授予學位或者依法撤銷學位等處理。
對學術不端的舉報，一般應當以書面方式實名提出，有明確的舉報對象，有實施學術不端行為的事實，并且有客觀的證據材料或者查證線索。 對于舉報的處理，《辦法》嚴格實行正當程序原則，對調查組的組成規則、回避制度、當事人權利義務、調查結論等作出了明確規定。
2003年12月17日2003～2004學年度第7次校務會議通過的《清華大學關于處理學術不端行為的暫行辦法（試行）》同時廢止。 學校此前有關規定與本辦法不一致的，以本辦法為準。
