參與保密的論文，通常是有一個保密周期，默認情況下是兩年。 但是，兩年之后，如果中國學術或者是自己所在學校，沒有來申請公開，那么默認情況下也就不再進行學術檢索收錄。 所以，我們經常會發現，諸如清華、北大、國防科大等一些高精尖學科的畢業論文，在中國學術是檢索不到的。 當然這部分涉及保密的論文，默認情況下也不作為學術查重的比對數據庫內容。 但是，大家需要注意的一點是，某些高校或者某些高校所在的學院，如果本校畢業生涉密論文很多，那么這些學校會有“自建庫”，即我們在學術查重系統數據庫中見到的“個人比對庫”，如下圖1所示。
申請保密的論文通常有兩個方面，一是涉及專利保護，二是涉及國家機密或能源項目。 保密的側重點在于不能上傳，不做公開使用，但它首先得是一篇合格的論文，而查重是論文通過的第一關口。 所以，申請保密的論文也是要查重的，正規查重系統不會泄露你的論文細節和個人信息，放心吧。
保密的一般是與涉密項目有關的論文，即常規涉密內容，如：涉密的國家自然科學基金項目（以下簡稱“國自然”）、涉密的國家重大社會科學基金項目等；或者是其他涉密內容，如：涉密的國家重點實驗室、涉密的軍事院校等。
